Während sich weite Teile Frankens früh den Einflüssen der Reformation öffneten, entwickelte sich das zu Beginn des 16. Jahrhunderts wiedervereinigte Herzogtum Bayern unter der Regierung der Wittelsbacher zu einem katholischen Musterstaat. Die Forschungsdiskussion um den Komplex der Konfessionalisierung soll ebenso behandelt werden wie die zunehmend von Konfessionsfragen bestimmte Entwicklung der Politik bis zum Ausgang des 16. Jahrhunderts. Daneben werden auch zentrale Fragen der Geistes-, Kirchen-, Wirtschafts- und Sozialgeschichte berücksichtigt werden.